Fu rinchiuso nelle carceri di Saigon per 13 anni, di cui nove in isolamento, appena nominato arcivescovo della capitale. Nel 1998 Giovanni Paolo II lo nominò presidente del Pontificio Consiglio della Giustizia e della Pace e nel 2000 lo chiamò a predicare gli Esercizi spirituali alla Curia Romana.
Ora è in corso la causa di beatificazione e canonizzazione, che approda venerdì 5 luglio a Roma alla conclusione della fase diocesana.È il cardinale vietnamita François Xavier Nguyên Van Thuân (1928-2002), testimone di fede e di speranza cristiana. In carcere non aveva potuto portare con sé la Bibbia: allora raccolse tutti i pezzetti di carta che aveva trovato e realizzò una minuscola agenda sulla quale aveva riportato più di 300 frasi del Vangelo; celebrò la Santa Messa sul palmo della sua mano, con tre gocce di vino e una goccia d’acqua.
Di lui il Beato Giovanni Paolo II, a conclusione degli Esercizi spirituali predicati dal cardinale Van Thuân nell’Anno del Giubileo, disse: «Testimone egli stesso della croce nei lunghi anni di carcerazione in Viêt Nam, ci ha raccontato frequentemente fatti ed episodi della sua sofferta prigionia, rafforzandoci così nella consolante certezza che quando tutto crolla attorno a noi e forse anche dentro di noi, Cristo resta indefettibile nostro sostegno».Venerdì 5 luglio saranno presenti alla cerimonia il postulatore della causa, l’olandese Waldery Hilgeman, numerosi cardinali e altre personalità ecclesiastiche e civili. La fase diocesana della causa di beatificazione e canonizzazione era stata aperta, sempre dal cardinale Vallini, il 22 ottobre 2010.
