Le Grotte Vaticane sono situate sotto la Basilica di San Pietro. Vi sono sepolti vari Pontefici, tra i quali Benedetto XV, Paolo VI, Giovanni Paolo I e Giovanni Paolo II.
Papa Karol Wojtyla occupa il posto dove è stato sepolto, per trent’anni, il Beato Papa Giovanni XXIII, i cui resti sono stati trasferiti il 3 giugno 2001, pochi mesi dopo la sua beatificazione, dalle Grotte all’altare di San Girolamo, per permettere un maggiore afflusso di fedeli devoti.
Non tutti i Papi riposano nelle Grotte. Alcuni di loro lasciarono delle disposizioni speciali come Leone XIII, morto nel 1903, che scelse come luogo di sepoltura la Basilica di San Giovanni in Laterano.
Nelle Grotte Vaticane sono anche custoditi sarcofaghi paleocristiani.