Nel 1972 è diventato dottore in Filosofia alla Karnataka University. Ha anche insegnato varie materie in numerosi seminari di Bangalore. E’ stato inoltre Superiore Provinciale dell’Ordine Redentorista dal 1978 al 1984 e presidente della Conferenza dei Religiosi dell’India (CRI) dal 1984 al 1985.
Varkey Vithayathil è stato nominato Vescovo titolare di “Antinoe” e Amministratore Apostolico della Chiesa arcivescovile maggiore siro-malabar e dell’Arcidiocesi di Ernakulam-Angamaly. E’ stato consacrato Vescovo a Roma da Papa Giovanni Paolo II il 6 gennaio 1997.
Ha assunto l’incarico della Chiesa arcivescovile maggiore siro-malabar e dell’Arcidiocesi di Ernakulam-Angamaly il 18 gennaio 1997.
Il 23 dicembre 1999, Giovanni Paolo II lo ha nominato Arcivescovo Maggiore della Chiesa siro-malabar e Arcivescovo di Ernakulam-Angamaly.
Si è insediato come Arcivescovo Maggiore nella Basilica di St. Mary, a Ernakulam, il 26 gennaio 2000.
Papa Giovanni Paolo II lo ha nominato membro del Collegio Cardinalizio il 21 gennaio 2001. Nel concistoro del 21 febbraio è stato elevato alla dignità di Cardinale.
E’ membro della Congregazione per le Chiese Orientali, del Pontificio Consiglio per i Testi Legislativi e del Pontificio Consiglio per la Promozione dell’Unità dei Cristiani.
Ha partecipato al rito funebre per Giovanni Paolo II e al Conclave che ha eletto Papa Benedetto XVI.
La Chiesa siro-malabar riunisce 3,5 dei 16 milioni di cattolici indiani.